福州大学设有二十四个学院含有土木工程学院；化学化工学院；紫金矿业学院；人文社会科学学院；机械工程及自动化学院；材料科学与工程学院；法学院；阳光学院；公共管理学院；厦门工艺美术学院；外国语学院；建筑学院；生物科学与工程学院；电气工程与自动化学院；环境与资源学院；管理学院；紫金矿业学院；工程技术学院；马克思主义学院；八方物流学院；至诚学院；应用技术与继续教育学院；数学与计算机科学学院（软件学院）；物理与信息工程学院等学院。
福州大学核心专业设置有：工业设计、过程装备与控制工程、公共管理、法学、社会学、数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、化学、资源环境与城乡规划管理、材料成型及控制工程、电子信息工程、软件工程、电气工程与自动化、通信工程、土木工程、给水排水工程、城市规划、建筑学、水利水电工程、环境工程、信息安全、微电子学、汉语言文学、艺术设计、音乐学、雕塑、英语、日语、安全工程、化学工程与工艺、化工与制药、环境与安全、化工与制药、土建、生物工程、电气信息、采矿工程、资源勘查工程、地矿、经济学、风景园林、物流工程、车辆工程、计算机科学与技术、网络工程、财政学、金融学、国际经济与贸易、经济学、税务、工程管理、管理科学与工程、工商管理、会计学、市场营销、电子商务、物流管理、行政管理、公共事业管理、公共管理、财务管理、工商管理、电子信息科学与技术、交通工程、食品科学与工程、包装工程、生物工程、电子科学与技术、信息工程、数字媒体艺术、应用心理学、统计学、化学、数学、化学基地班、德语、再生资源科学与技术、光电信息工程、矿物加工工程、生物技术、交通运输、物联网工程、勘查技术与工程、材料科学与工程、机械设计制造及其自动化等几十个本科专业。
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