昆明医科大学设有十八个学院含有临床肿瘤学院;国际教育学院;口腔医学院;公共卫生学院;护理学院;人文学院;研究生学院;法医学院;药学院;继续教育学院;基础医学院;第二临床学院;临床技能中心;高等职业教育学院;海源学院;现代教育技术中心;外语部;第一临床学院等学院。
昆明医科大学核心专业设置有:医学检验、康复治疗学、护理学、药物制剂、公共事业管理、医学影像学、市场营销、口腔医学、法医学、药学、医学美容技术、眼视光学、劳动与社会保障、法学类 法学、生检验、营养学、临床药学、预防医学、临床医学、麻醉学等几十个本科专业。
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