吉林农业大学设置有十六个学院含马克思主义学院；食品科学与工程学院；外国语学院；研究生学院；农学院；人文学院；生命科学学院；国际教育交流学院；动物科学技术学院；信息技术学院；园艺学院；中药材学院；资源与环境学院；工程技术学院；经济管理学院；继续教育学院等学院。
吉林农业大学专业设置有环境工程、自动化、计算机科学与技术、种子科学与工程、新能源科学与工程、交通运输、食品科学与工程、农学、水土保持与荒漠化防治、野生动物与自然保护区管理、环境工程学、农业工程、农业机械化工程、农业水土工程、农业电气化与自动化、食品科学、农产品加工及贮藏工程、轻化工程、生物工程、制药工程、粮食工程、植物科学与技术、农业资源与环境、水产养殖学、动物医学、动物科学、森林资源保护与游憩、园林、预防兽医学、动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖学、临床兽医学、基础兽医学、药用植物、动物药学、应用生物科学、工商管理、信息管理与信息系统、农林经济管理、土地资源管理、财务管理、市场营销、技术经济及管理、植物保护、园艺、农业建筑环境与能源工程、农业机械化及其自动化、食品质量与安全、土壤学、工商管理、旅游管理、社会学、家政学、农产品贮运与加工教育、畜禽生产教育、信息与计算科学、应用化学、环境科学、应用心理学、生物技术、资源环境与城乡规划管理、电子信息科学与技术、资源环境科学、生态学、特种经济动物饲养学、广告学、传播学、艺术设计学、英语、食药用菌、风景园林、设施农业科学与工程、草业科学、保险、中药学、中药资源与开发、机械设计制造及其自动化等几十个专业。
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