东北农业大学设置有二十个学院含动物医学学院；水利与建筑学院；应用技术学院；食品学院；工程学院；动物科学技术学院；马克思主义学院；成栋学院；生命科学学院；园艺学院；资源与环境学院；文法学院；理学院；国际文化教育学院；电气与信息学院；艺术学院（艺术教育中心）；体育部；农学院；经济管理学院；等学院。
东北农业大学专业设置有农业水利工程、食品科学与工程、电子信息工程、水利水电工程、包装工程、设施农业科学与工程、生物工程、农业机械化及其自动化、农业电气化与自动化、农业建筑环境与能源工程、土木工程、水文与水资源工程、水产养殖学、应用生物科学、农业资源与环境、动物药学、植物生产、环境生态类、草业科学、环境生态、种子科学与工程、国际经济与贸易、金融学、软件工程、植物保护、农学、园艺、园林、动物科学、动物医学、土地资源管理、公共管理类、工商管理类、保险、经济学、经济学类、信息管理与信息系统、工业工程、工程管理、市场营销、工商管理、会计学、旅游管理、人力资源管理、行政管理、农林经济管理、农村区域发展、食品质量与安全、电气信息类、轻工纺织食品类、电气工程及其自动化、粮食工程、风景园林、乳品工程、制药工程、物流工程、社会工作、法学、信息与计算科学、应用化学、环境科学、生态学、生物科学、生物技术、资源环境与城乡规划管理、环境科学、俄语、广播电视编导、艺术设计、英语、统计学、对外汉语、动物生产、农业工程、车辆工程、新能源科学与工程、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术等几十个本科专业。
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