吉林农业工程职业技术学院设置有信息工程系、机电工程系、汽车工程系、管理科技系、生物工程系、粮食工程系、食品工程系共7个系。
吉林农业工程职业技术学院专业设置有机械设计与制造、数控技术、机电一体化、生物技术及应用、食品生物技术、食品加工技术、粮食工程、粮食工程(粮食深加工方向)、食品营养与检测、计算机信息管理、计算机应用技术、计算机应用技术(软件开发方向)、动漫设计与制作、计算机网络技术、汽车检测与维修技术、汽车电子技术、会计电算化、商务英语、电子商务。
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