新疆工程学院现设置有：基础教学研究部（外语系）；安全工程系；社会科学教研部；计算机工程系；体育教研部；化学与环境工程系；成人教育学院；教学系部；采矿工程系；语言系；机械工程系；管理系；电气与信息工程系等院系。
新疆工程学院的核心专业设置有：采矿工程、矿物加工工程、资源勘查工程、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、安全工程固体矿床露天开采技术、矿井通风与安全、矿山安全技术与监察、煤层气抽采技术、选矿技术、工程测量技术、冶金技术、材料工程技术、热能动力设备与应用、交通运输、工程机械运用与维护、生化与药品、应用化工技术、石油化工生产技术、化工设备维修技术、资源开发与测绘、矿山地质、工程地质勘查、煤矿开采技术、计算机信息管理、软件技术、通信技术、环保、气象与安全、环境监测与治理技术、安全技术管理、国际贸易实务、市场营销、电子商务、物流管理、旅游管理、酒店管理、文化教育、汉语、英语英语、应用俄语、新能源应用技术、城镇规划、建筑工程技术、供热通风与空调工程技术、工程造价、机械制造与自动化、工业设计、计算机辅助设计与制造、机电一体化技术、生产过程自动化技术、电力系统自动化技术、电气自动化技术、供用电技术、电子信息、计算机应用技术、计算机网络技术等专业。
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