安徽农业大学设有一十七个学院含有农学院；植物保护学院；园艺学院；林学与园林学院；动物科技学院；茶与食品科技学院；理学院；生命科学学院；资源与环境学院；工学院；轻纺工程与艺术学院；信息与计算机学院；经济管理学院；人文社会科学学院；外国语学院；研究生学院；经济技术学院等学院。
安徽农业大学核心专业设置有：农业经济管理、电气信息、物流工程、车辆工程、农业工程、电气工程及其自动化、环境与安全、农学类 农学、园艺、植物保护、茶学、林学、园林、农业资源与环境、蚕学、动物医学、中药资源与开发、机械设计制造及其自动化、电子信息工程、通信工程、计算机科学与技术、网络工程、城市规划、环境工程、食品科学与工程、经济学类 金融学、经济学、国际经济与贸易、经济学、保险、旅游管理、农林经济管理、农村区域发展、信息管理与信息系统、财务管理、公共事业管理、农业经济管理、土地资源管理、工商管理、市场营销、审计学、行政管理、人力资源管理、法学、社会工作、种子科学与工程、环境科学、生态学、生物科学、生物技术、应用化学、生物科学、环境科学、动植物检疫、应用心理学、统计学、艺术设计、英语、日语、汉语言文学、对外汉语、法语、轻工纺织食品、设施农业科学与工程、材料科学与工程、法学、地理信息系统、机械、测绘工程、园艺教育、信息与计算科学、包装工程、纺织工程、服装设计与工程、食品质量与安全、木材科学与工程、农业机械化及其自动化、农业电气与自动化、农业建筑环境与能源工程、农业水利工程、应用生物科学、设施农业科学与工程、动物科学、烟草、水产养殖学、草业科学、公共管理等几十个本科专业。
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