南京航空航天大学设置有16个学院含文学院；南自动化学院；国际教育学院；经济与管理学院；继续教育学院；电子信息工程学院；航天学院；机电学院；计算机科学与技术学院；材料科学与技术学院；民航学院（飞行学院）；理学院；人文与社会科学学院；航空宇航学院；外国语学院；能源与动力学院；艺术学院等学院。
南京航空航天大学核心专业设置有：机械工程及自动化、测控技术与仪器、热能与动力工程、日语、空间科学与技术、软件工程、微电子学、电气工程与自动化、计算机科学与技术、信息工程、飞行器设计与工程、飞行器动力工程、飞行器制造工程、飞行器环境与生命保障工程、探测制导与控制技术、生物医学工程、自动化、工程力学、核技术、物联网工程、国际经济与贸易、金融学、工商管理、市场营销、会计学、信息管理与信息工程、信息管理与信息系统、工业工程、电子商务、公共事业管理、管理科学与工程、材料科学与工程、工业设计、车辆工程、工商管理、法学、政治学与行政学、信息与计算科学、应用物理学、应用化学、电子信息科学与技术、信息安全、物理学、光信息科学与技术、广播电视新闻学、土木工程、建筑环境与设备工程、交通运输、飞行技术、音乐表演、戏剧影视美术设计、英语等专业。
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