石河子大学的历史最早可追溯至1949年9月，其前身原石河子医学院在解放军解放新疆的征程中诞生。1996年4月，原农业部直属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校及兵团经济专科学校合并，成立了如今的石河子大学。2004年5月，教育部与新疆生产建设兵团达成共建协议。2005年4月，石河子大学的化学工程与技术等11个学科被纳入教育部“援疆学科建设计划”，并获得多所知名高校的支持。同年6月，学校与新疆军区签订依托培养协议，开始为部队培养后备军官。2006年，石河子大学成为国家大学生文化素质教育基地。2008年12月，学校被纳入国家“211工程”重点建设高校。同年，华东理工大学加入对口支援石河子大学的行列。2010年4月，石河子大学被评为“全国毕业生就业典型经验高校”。2012年，学校入选国家中西部高校综合实力提升工程和基础能力建设工程重点建设高校。2013年11月，学校成为第三批教育部卓越工程师教育培养计划成员。2014年9月，学校入选教育部第一批卓越农林人才教育培养计划。2016年，石河子大学被列为国家“一省一校”重点建设高校。2017年9月，学校入选国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。2018年3月，学校成为“部省合作共建高校”，纳入教育部直属高校序列。同年9月13日，石河子大学医学院（塔里木大学）分院举行揭牌仪式。
以下是石河子大学历任校长名单：
陈家瑜：1988.09-1994.03，担任石河子医学院院长；魏国治：1988.9-1993.10，担任石河子农学院院长；郑国瑛：1993.10-1996.6，担任石河子农学院院长；黎英：1988.6-1993.10，担任兵团经济专科学校校长；林洪川：1994.5-1996.6，担任兵团经济专科学校校长；戴本颢：1988.6-1993.12，担任兵团教育学院院长；忻礼康：1994.1-1996.6，担任兵团教育学院院长；郑国瑛：1996.6-2000.10，担任石河子大学校长；任向本春：2000.10-2017.03.28，担任石河子大学校长；代斌：2017.03.28-2020.02.18，担任石子河大学校长。
截至2020年2月18日，石河子大学官网显示，学校现有教职工2650人，专任教师1877人，其中包括中国工程院院士1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授2人、青年学者1人，国家“973计划”项目首席科学家2人，教授281人、副教授656人。学校还拥有教育部创新团队2个，黄大年式教师团队1个，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”10人，省部级以上专家人才73人。
截至2020年2月18日，石河子大学官网显示，学校设有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11个学科门类。共有92个本科专业，8个一级学科博士学位授权点、26个一级学科硕士学位授权点、20种硕士专业学位授权类别、4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。学校拥有一流建设学科1个、国家重点学科1个、国家重点培育学科1个、自治区重点学科10个。此外，学校还设有国家级教学团队3个、国家级教学名师2人、国家级精品课程4门、双语教学示范课程1门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门、国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个。石河子大学是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校还设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地。
截至2020年2月18日，石河子大学官网显示，学校拥有完善的教学和科研设施。校园占地面积179.4万平方米，校舍面积126.1万平方米，实验室和实习场所面积26.97万平方米，绿化覆盖率41%。学校拥有设施先进的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼、博物馆等标志性建筑，以及4个附属医院。2011年，石河子大学被评为“全国文明单位”。
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