浙江海洋大学自1958年创立以来，历经多次变革与发展。1962年，舟山水产学院从浙江农业大学独立出来，开始了新的篇章。
然而，1966年后的“文化大革命”导致学校本科教育招生中断长达11年。直到1975年8月16日，国务院批准恢复舟山水产学院，并更名为浙江水产学院。
1984年9月，学校在宁波清水浦渔业基地设立教学点。1985年8月，省委同意在宁波成立浙江水产学院宁波分院。与此同时，舟山师范专科学校在1958年成立，但在1959年撤销。
1978年，浙江师范学院舟山分校在舟山师范学校内设立，开设物理、化学两个专业。1983年，学校转型升级为舟山师范专科学校。
1996年10月，浙江水产学院宁波分院与宁波师范学院等多所高校合并，成立了新宁波大学。1998年，浙江水产学院与舟山师范专科学校合并，组建了浙江海洋学院。
2000年1月，经国家教育部和浙江省人民政府批准，浙江海洋学院东海科学技术学院成立。此后，舟山卫生学校、浙江水产学校等教育机构陆续并入。
2013年，学校进行了大规模的校区调整，西校区、石化校区、医学院校区拆除，主校区搬迁至长峙岛新校区。2015年9月，浙江海洋大学与汤加王国首相签署教学科研合作备忘录，共同建设一所中汤国际海洋大学。
2016年3月，学校正式更名为浙江海洋大学。同年6月，入选浙江省国际化特色高校建设工程。11月，国家海洋局与浙江省政府签署共建浙江海洋大学的协议。
2018年12月，浙江省政府同意以“省市共建”方式支持浙江海洋大学创建一流学科。
历任领导包括：冯士（1999.6-2005.8.15），苗振清（2005.8.15-2012.02.16），吴常文（2012.02.16-2016.05），吴常文（2016.05-2017.7.28），严小军（2017.11.12-2018.12.06），陈建孟（2018.12.06-2020.02.17）。
截至2020年2月17日，学校官网显示，全日制在校学生11202人，教职工1127人，其中专任教师781人。专任教师中，具有博士学位392人，高级专业技术职务417人，正高级技术职务150人。学校拥有双聘院士11人，各类国家级专家和学者35人，省级特聘教授和人才80人，省级教学、科技创新团队10个。
学校的发展得到了党和国家领导人的亲切关怀和大力支持。习近平总书记曾两次莅临学校指导工作，对学校的发展给予了高度评价和期望。
学校坚持以人才培养为核心，以社会需求为导向，致力于培养全面发展的复合应用型人才。教学成果丰富，曾获国家二等奖1项，省级教学成果一等奖4项、二等奖4项。学校是国家新工科研究与实践项目、国家卓越农林人才教育培养计划改革项目试点高校，拥有多个国家级教学和实践基地。近5年来，学生在各类竞赛中屡获佳绩，包括国家级奖项160余项、省部级奖项3300余项。
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