山西中医学院，源于1978年成立的山西医学院中医大学班，并于1989年经原国家教委批准，正式更名为山西中医学院。2001年，学院开始招收硕士研究生，2017年5月，教育部批准其更名为山西中医药大学。同年5月23日，山西中医药大学成为中国政府奖学金生委托培养高校。6月，新增植物保护、康复治疗学、应用心理学三个学士学位授权专业，并与左云县、大同市矿区人民政府签署校地合作协议，同时与当地中医院建立附属医院医疗联合体。此外，国家中医药管理局批准学校承担“多发性硬化益气活血重点研究室”建设，实现了零的突破。6月26日，学校举行“1331工程”暨“双一流”建设报告会与揭牌仪式。7月24日，临床学院与直属附属医院实施“院院合一”管理体制。
历任院长包括：翟维敏（1990.5-1992.7）、郝思亲（1992.7-1995.7）、郭凤来（1995.7-1998.7）、陶功定（1998.7-2005.11）、周然（2005.11-2016.01.08）、马存根（2016.01.08-2016.09.15）、李青山（2016.09.15-2018.11.27）、刘星（2018.11.27-2020.02.20）。
截至2020年2月20日，学校官网显示，教职工总数为4183人，其中专任教师618人，高级职称教师316人，正高职称92人。学校拥有国医大师2人，国家杰出青年科学基金获得者1人，国家级教学名师1名，以及其他各类人才和专家。开设21个本科专业，覆盖医学、工学、管理学等多个领域，并于2007年通过教育部本科教学工作水平评估，2014年通过中医学专业认证，2018年通过本科教学工作审核评估。学校设有国家特色专业、品牌专业、实验教学示范中心等多个项目，并获得多项教学成果奖。
基础设施方面，学校拥有太原、晋中两个校区，占地979亩。晋中校区建筑风格独特，环境优美，富有中医药文化元素，被认定为全国中医药文化宣传教育基地。教学科研设备总值达17331.73万元，纸质图书95万册，电子图书310万册，各类数据库36个，建立了先进的现代电子图书系统和计算机网络服务体系。
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