杨家齐：1983年至1992年7月担任湖北医学院院长；张志善：1992年7月至1993年6月任湖北医学院院长；张志善：1993年6月至1995年6月；袁先厚：1995年6月至2000年6月担任湖北医科大学校长；刘经南：2003年9月至2008年11月任武汉大学校长；顾海良：2008年11月至2010年12月任武汉大学校长；李晓红：2010年12月至今担任武汉大学校长。
湖北医科大学，现为武汉大学医学部，于2000年8月2日与武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学合并，共同组建了新的武汉大学，并成为新武汉大学医学部的核心组成部分。附属第一医院更名为武汉大学人民医院，同时保留湖北省人民医院的名称；附属第二医院更名为武汉大学中南医院；附属口腔医院更名为武汉大学口腔医院，并继续保留湖北省口腔医院名称。2001年1月，武汉大学实施学科重组，将原有的49个学院和直属系调整为28个学院，分属于人文科学、社会科学、理学、工学部、信息科学和医学6个学部，采取院系实体、学部虚拟的管理模式。2005年9月20日，为促进医学领域的学院、研究所和附属医院之间的协作，推动医学领域的快速发展，武汉大学借鉴国内外知名医学名校经验，加大对医学领域的支持力度，实现医学部实体化，下辖8个学院和3个研究所，拥有3所附属医院。
截至2020年1月21日，根据学校官网信息，基础医学院设有八个学系，包括人体解剖与组织胚胎学系、免疫学系、病原生物学系、药理学系、生物化学与分子生物学系、生理学系、病理学与病理生理学系、医学遗传学系。此外，还设有党政办公室、学生工作办公室。截至2020年1月21日，学校官网显示，基础医学院现有教职工184人，其中高级职称专业人员60余人，包括教授21人，博士生导师11人，涵盖国家有突出贡献的中青年专家和享受国务院政府特殊津贴的专家。目前，学院承担着临床医学、口腔医学、护理学、医学检验学四个专业的五年制本科生，七年制本硕士连读生，成人教育专升本学生，以及硕士生、博士生的医学基础课教学任务和本科生的管理任务。学院还承担着国家及省部级科研项目350余项，包括国家攻关项目、国家自然科学基金项目、省级攻关项目等。近十年来，学院鉴定科研成果60余项，其中20项达到国际先进水平，40余项分别获得国家教育部、卫生部、省人民政府、市人民政府科技进步奖。1994年，学院被评为省卫生系统先进集体。
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