学校历史沿革：
1948年春季，该校在山东省广饶县创建，最初是中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校。
1950年春季，随着中国人民解放军第二野战军解放大西南，学校迁至重庆，后更名为西南区川东医士学校。
1951年春季，由中华基督教卫理公会于1924年创办的宽仁高级护士职业学校并入西南区川东医士学校。
1952年春季，中国人民解放军皖西军区创建的川东军区卫生学校并入，学校更名为西南川东卫生学校。
1953年夏季，西南川东卫生学校与西南药科学校、重庆工矿卫生学校合并，改名为重庆市卫生学校，后更名为四川省重庆医士学校。
1956年夏季，四川省重庆医士学校一分为二，分别成立四川省重庆药剂学校和四川省重庆医士学校。
1958年夏季，四川省重庆医士学校升格为重庆医学专科学校。
1958年秋季，江津专区卫生学校在重庆江津成立（后更名为四川省重庆第二卫生学校）。
1960年春季，四川省重庆药剂学校升格为重庆卫生检验专科学校（1961年夏季更名为四川省重庆药剂学校）。
1962年夏季，四川省重庆护士学校并入重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校。
1998年春季，重庆市直辖后，四川省重庆药剂学校、四川省重庆卫生学校、四川省重庆第二卫生学校分别更名为重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校。
2006年春季，经国家教育部批准，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校三校合并，升格成立重庆医药高等专科学校。
2013年夏季，学校沙坪坝校区整体迁入大学城校区。
2014年冬季，顺利通过市级示范校建设验收。
2016年8月，学校入选第二批国家现代学徒制试点单位。
2019年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。
2019年10月，学校通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。
2019年12月，学校被教育部、财政部列入第四类高水平专业群建设单位（C档）。
现任学校领导：
黄祖春：2007年至2011年5月，担任重庆医药高等专科学校校长；吴海峰：2011年5月至2014年5月，担任重庆医药高等专科学校党委书记兼校长；冯连贵：2014年5月至2020年1月15日，担任重庆医药高等专科学校校长。
截至2020年1月15日，学校官网显示，学校本部拥有教授、副教授等副高以上专业技术人员200余人，“双师”素质教师270余人，具有硕士及以上学位的教师200余人，其中博士学位50余人。学校拥有国家级优秀教学科研团队1个、国家级精品课程、国家级精品资源共享课程各1门。
截至2020年1月15日，学校官网显示，学校开设有药学、护理、医学检验技术、临床医学、中医学、助产、康复治疗技术、医学美容技术、药品生产技术、制药设备应用技术、药品经营与管理、药品质量与安全、中药学、卫生检验与检疫技术、食品营养与检测、针灸推拿、眼视光技术、医学影像技术、医疗设备应用技术等19个大专专业，形成了全日制教育、成人教育、继续教育等多层次办学格局。
截至2020年1月15日，学校官网显示，学校位于文化氛围浓郁的重庆大学城，这里青山常翠、碧水常流，高校云集、英才荟萃，资源共享、教师互聘、学分互认、课程互选、信息互通。新型的教育城、人才城、科技城、生态城为重庆医药高等专科学校提供了得天独厚的发展空间。
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