福建农业职业技术学院的历史沿革中，历任领导包括福建省农业学校校长与福州市农业学校校长；陈志坚教授于2005年6月29日至2017年2月23日担任院长，陈玲教授则在2017年2月23日至2020年1月28日担任院长。
福建农业职业技术学院由1902年创立的福建省福州市农业学校与1979年成立的福建省农业学校，在2003年2月合并而成。1962年秋季，南平农校农机班与1960年9月成立的闽侯专区农校并入该校。1966年4月，学校更名为闽侯专区农业学校。
文化大革命期间，学校于1966年停止招生，1970年秋季被迫停办，教职工下放农场干校进行“劳动锻炼”，校舍、土地被占用，图书、仪器、教学设备损失惨重。1975年秋季，农业学校在福清琯口复办，并根据行政区划改为莆田地区农业学校。
1983年12月，随着地（莆田）市（福州）的撤并，学校归福州市管辖，更名为福建省福州市农业学校。2003年2月，经福建省人民政府批准，福建省农业学校与福州市农业学校合并，成立福建农业职业技术学院，院址设在原福州市农业学校。
自建校以来，学校多次更名，历经变迁，至今已走过百余年历程，是福建省最早的农业教育机构，也是全国最早创办的农业教育机构之一。学校在2002年荣获省级文明学校称号；2000-2001年度、2001-2002年度连续两届获得省直机关“文明单位”称号；2002年，省农业厅授予“四优文明单位”和“先进基层党组织”荣誉。2009年6月，学院成为首批“福建省高校毕业生创业培训基地”，2010年全省高职院校就业评估中获得“优秀”称号。
截至2020年1月29日，学校官网数据显示，学院有专任教师267人，其中包括教授3人，农推研究员1人，副教授59人，博士11人，硕士153人。拥有省级优秀教学团队（畜牧兽医）1个，省级教学名师4人；校外兼职教师154人，构建了由本校教师、省农科院客座教授、企业技术骨干和台湾高校教师组成的“1+3”教学团队。此外，有层次人才25人，南安市高层次人才120多人。
截至2020年1月29日，学校官网显示，学院设有2个省级精品专业，3个省级示范专业。2013年，在省教育厅的专业办学水平评估中，学院15个参评专业均位列全省同类专业前十名。
作为首批闽台职业教育交流合作先行先试高校，学院与台湾中州科技大学等5所高校开展交流合作，实施“校校企”联合培养人才项目，涉及6个专业1093名学生，选派61位教师赴台研修，86位学生赴台高校学习；聘请台湾高校教师72人次来院讲学；共同举办“福建省高职院校农类（园艺技术）专业骨干教师培训班”；合作编写并出版《洋兰工厂化生产技术》等5本特色教材；合作申报的《蝴蝶兰主要病虫害防控技术研究》项目获得专项经费资助。2011年，学院闽台“校校企”联合培养人才项目入选全国高职高专教育成果展。
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