1951年，广州市创办了第一至第四医士学校；
1953年，上述四所学校合并，成立了广州医士学校；
1958年，广州医士学校升级为广州医学院；
1970年，广州医学院被改建为广州医科学校；
1972年，广州医科学校再次升级，恢复为广州医学院；
1973年10月29日，广州市委决定将市第四人民医院划归广州医学院作为附属医院。
1979年6月10日，广州市编制委员会批准在广州医学院附属医院新医科的基础上成立广州呼吸疾病研究所。
2010年2月至8月，学院接连获得招收外国留学生资格、广东省一本招生资格以及硕士研究生推免资格。
2011年3月22日，学院临床医学专业被批准为博士学位授权一级学科，基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合等三个学科成为硕士学位授权一级学科；随后，护理学科也获得硕士学位授权一级学科资格。
2012年12月12日至13日，教育部高评委专家组对广州医学院更名事宜进行了实地考察评估。
2013年1月19日，广州医学院顺利通过教育部验收，正式更名为广州医科大学。
2013年4月23日，教育部正式批准广州医学院更名为广州医科大学，成为继广州大学之后第二所市属高校获得“大学”称号，此次更名对提升广州教育形象具有重要意义。
2013年5月18日上午，广州医科大学揭牌仪式在广医礼堂举行，标志着广州医学院正式晋升为“大学”。
历任院长包括张梦石（1980.03-1983.12）、林道平（1983.12-1991.02）、黄济群（1991.02-1992.07）、钟南山（1992.06-1994.07）、陈敏生（2002.09-2005.03）、冉丕鑫（2005.07-2012.04）、王新华（2012.04-2013.01），以及王新华自2013.01至2020.01.20担任广州医科大学校长。
截至2020年1月20日，学校官网显示，教职工总数为7121人（校本部822人），其中包括众多优秀教育工作者，如中国工程院院士、长江学者等。博士研究生导师419人，硕士研究生导师1044人。
同期，学校开设了20个本科招生专业，涵盖医学、理学、管理学、工学、法学五大门类。其中，临床医学、药学专业入选国家一流本科专业，临床医学、医学检验技术专业为国家特色建设专业，中西医临床医学、医学检验技术为省级一流本科专业，另有12个省级优势专业。学校还建立了国家临床教学培训示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心等教学设施，以及多个省级教学示范中心。开设了3门国家级精品课程和59门省级精品课程。此外，学校拥有3个省级试点学院、1个省级产业学院，设有临床医学博士后流动站，临床医学、基础医学一级学科博士授权点，8个一级学科硕士授权点，5个硕士专业学位授权，以及1个独立二级学科硕士授权点。现有全日制本科生和研究生共计11424人。近五年，毕业生就业率超过97%，在全省同类院校中名列前茅。
截至2020年1月20日，学校官网显示，广州医科大学拥有番禺、越秀两个校区，占地面积37.23万平方米，建筑面积48.19万平方米。下设21个学院，7所直属医院和10所非直属附属医院，以及22个研究机构。拥有1个国家医学中心，1个国家临床医学研究中心，1个国家重点实验室，11个省部级重点实验室，2个省部级工程技术研究中心/工程实验室，2个省级协同创新中心。
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