长春工程学院的办学渊源可追溯至新中国成立初期。1951年9月至1953年7月间，为快速恢复和建立国家基础工业体系，东北人民政府和中央人民政府燃料工业部策划并批准成立了长春土木建筑高级职业学校、长春测量地质技术学校和长春水力发电工程学校。在20世纪80年代中期以前，这三所学校经历了多次更名和隶属关系的变更，主要由原冶金工业部和水利电力部管理，致力于为冶金建筑、冶金地质以及水利水电行业培养技术人才。
1984年至1985年，经教育部批准，三所学校分别升格为长春建筑专科学校、长春冶金地质专科学校和东北水利水电专科学校。自20世纪90年代至21世纪初的十余年办学历程中，学校取得了4项国家级教学成果二等奖，教务处两次获得教育部评选的“全国普通高校优秀教务处”称号；1997年，三所学校被教育部确定为全国示范性高等工程专科重点建设学校。
自1996年起，这三所学校陆续开始招收建筑工程等16个专业的本科生。2000年3月，教育部正式批准长春建筑高等专科学校、长春工业高等专科学校、长春水利电力高等专科学校合并，组建为长春工程学院。合并后，学校的办学规模扩大，教育事业迅速发展，办学水平不断提升，综合实力显著增强。学校形成了以建筑、地质、水利、电力、机械、电气工程等工科专业为主，工学、管理学、文学、理学和艺术等学科交叉共存的人才培养结构，成为具有应用型教育特色的教学型大学，明确了“以应用能力和工程素质为主线，培养面向基础工业基层一线的应用型高级专门人才”的人才培养特色。
学校多次获得吉林省政府、长春市政府授予的“模范单位”、“文明单位标兵”等荣誉称号，学校党委也被长春市委授予“先进党委”称号。2007年2月，学校获得中国人民解放军总政治部和教育部批准，成为全国具有国防生招生资格的七十所大学之一。2011年9月，学校被教育部批准为实施“卓越工程师教育培养计划”的高校。同年10月，学校被国务院学位委员会确定为“服务国家特殊需求人才培养项目——学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生”试点单位，开始在水利工程、建筑与土木工程领域招收培养硕士研究生。
现任领导包括：
- 高为峰：1995.07-2000.05任长春建筑高等专科学校校长；
- 熙莹：1998.10-2000.05任长春工业高等专科学校校长；
- 郭春光：1998.08-2000.05任长春水利电力高等专科学校校长；
- 高为峰：2000.05-2004.04；
- 石曙光：2004.04-2008.05任长春工程学院院长；
- 韩立强：2008.05-2017.02.17任长春工程学院院长；
- 胡明：2017.02.17至今任长春工程学院院长。
截至2020年1月10日，学校官网显示，学校现有教职员工1300余人，其中专职教师975人，80%以上为“双师双能型”教师，正高级职称132人，副高级职称354人，硕士研究生导师95人。100余人次获得新世纪百千万人才、国务院特殊津贴、全国及宝钢优秀教师、教育部新世纪人才、省高级专家、省政府特殊津贴、省拔尖创新人才、吉林省优秀教师、长白山技能名师等荣誉称号。58人被相关科研单位和高校聘为博士、硕士研究生导师。
截至2020年1月10日，学校官网显示，学校现有涵盖工学、管理学、理学、艺术学、文学等5个学科门类；16个硕士研究生专业培养方向；6个省特色高水平学科。设有19个教学院（部），45个本科招生专业。其中包括1个国家地方高校专业综合改革试点专业，8个国家级、省级特色专业，8个专业通过国家工程教育专业认证，7个国家级、省级“卓越工程师教育培养计划”实施专业，2个国家CDIO试点专业，8个省级特色高水平专业，10个省一流专业，5个省级品牌专业，7个省级人才培养模式创新实验区。
学校现有湖东和湖西两个校区，占地总面积45.8万平方米，各类校舍总建筑面积46.3万平方米，固定资产总值10.04亿元，其中教学科研仪器设备总值4.29亿元。图书馆拥有中外文纸质图书167.5万册、电子图书125.3万种。
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