学校发展历程：
1948年7月，黑龙江农业干部学校（后更名为黑龙江专科学校）正式成立。
1956年，学校转型升级为北安农学院。
1956年7月，国务院、中央军委决定中国人民解放军兽医大学全体职工集体转业至地方，并更名为长春畜牧兽医大学。
1957年11月12日，北安农学院与长春畜牧兽医大学合并，成立吉林省农学院。
1958年9月，长春农业机械化学校提升为长春农业机械化专科学校。
1959年1月，长春农业机械化专科学校并入吉林农业大学，并设立农机系。
1960年3月，农机系独立，成立长春农业机械学院。
1961年3月，长春农业机械化学院再次并入吉林农业大学，改为农业机械化学院。
吉林特产学院创建于1958年。
1961年春，中共中央东北局和吉林省省委对省内高等农业院校进行调整。
1961年4月，省委决定将吉林特产学院并入吉林农业大学，成立特产学院。
1962年8月，特产学院改为特产系。
1978年3月，吉林省革命委员会决定恢复吉林农业大学。
1978年6月，学校全面迁回吉林农业大学校址，位于吉林省长春市。
2013年，学校入选国家级大学生创新创业训练计划项目。
2016年，成为首批50所“全国创新创业典型经验高校”。
2017年，认定为全国首批深化创新创业教育改革示范高校；承担农业部中非农业科研机构“10+10”合作项目中方单位；入选“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）。
2018年6月，吉林农业大学加入“一带一路 南南合作农业教育科技创新联盟”。
2019年2月，被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。
现任领导团队：
- 党委书记：姚秋杰
- 校长：秦贵信
- 纪委书记：温成涛
- 党委副书记：戴立生
- 副校长：孙少平、孙爱军、张立峰、陈光
历任校长：
- 李冷斋：1978.04至1983.01，任吉林农业大学校长；
- 王殿仕：1983.05至1985.08，任吉林农业大学校长；
- 李超：1985.08至1990.11，任吉林农业大学校长；
- 李玉：1992.07至2004.09，任吉林农业大学校长；
- 郭庆海：2004.09至2006.04，任吉林农业大学校长；
- 姚秋杰：2006.04至2008.05，任吉林农业大学校长；
- 秦贵信：2008.05至2017.02，任吉林农业大学校长；
- 冯江：2017.02至今，任吉林农业大学校长。
截至2020年1月10日，学校官网信息显示，吉林农业大学现有教职工1863人，其中包括中国工程院院士1人、双聘院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员5人，教育部高等学校教学指导委员会成员9人，国家突出贡献专家5人，国家级教学名师1人，“万人计划”4人，国家“百千万人才工程”5人，国务院特贴专家48人，科技部中青年科技创新领军人才4人，教育部新世纪优秀人才8人，“长白山学者”特聘教授7人、讲座教授5人，吉林省高级专家26人，吉林省拔尖创新人才50人；教育部“长江学者创新团队”1个，国家级优秀教学团队1个，首批全国高校“黄大年式教师团队”1个，首批吉林省高校“黄大年式教师团队”2个，“黄大年式科研团队”1个。2018年，学校获批“国家级专家服务基地”。
截至2020年1月10日，学校官网信息显示，吉林农业大学设有18个学院，1个研究生院和1个直属教学部门。作为我国首批具有学士、硕士学位授予权的高校，以及省属院校中最早获得博士学位授权的高校，学校拥有9个博士后科研流动站，9个博士学位授权一级学科，18个硕士学位授权一级学科，9个硕士专业学位授权类别、15个硕士专业学位授权领域；1个国家重点（培育）学科，3个部委级重点学科和13个省级特色高水平学科；植物学与动物学学科进入ESI全球前1%。
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