惠州学院的历史可追溯至1921年10月创立的广州市立师范学校。1978年，学校晋升为惠阳师范专科学校，并于1988年成为广东省唯一荣获国家教委表彰的师范专科学校。1991年，在广东省高校办学水平评估中，学校被评为一流高校。1993年，与西北纺织工学院惠州分院、惠州教育学院合并，成立专科层次的惠州大学。2000年，学校进一步升格为全日制普通本科院校，并在2006年顺利通过教育部本科教学工作水平评估。2011年11月26日，惠州学院庆祝建校65周年。
2016年12月20日，广东省教育厅与惠州市达成协议，共同建设惠州学院。
2017年6月，广东省学位委员会公布了2017年博士硕士学位授予立项建设单位名单，惠州学院成功入选。
以下为历任校领导简介：
- 曾铁元：1986.8-1992.11，担任惠阳师范专科学校校长；
- 黄石生：1994.7-2001.4，担任惠州大学校长；
- 张岳恒：2001.4－2008.4，担任惠州学院院长；
- 杨海涛：2008.4－2011.1，担任惠州学院院长；
- 彭永宏：2011.1-2020.1.20，担任惠州学院院长。
截至2020年1月20日，学校官网数据显示，惠州学院现有专任教师918名，其中教授（正高）102名、副教授（副高）255名，博士352名；另有外聘教师220名，总计教师人数为1028名。其中包括院士2名（特聘）、全国优秀教师1名、广东省“千百十人才工程”省级培养对象9名、广东省“教学名师”3名、广东省“特支计划”青年文化英才1名、南粤优秀教师12名、“天鹅计划”领军人物2名、东江学者1名、广东省优秀教学团队10个、广东省高校创新团队1个。
截至2020年1月20日，学校官网数据显示，惠州学院现有广东省优势重点学科1个，广东省特色重点学科2个，省“冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科3个。学校已建成或在建的科研创新平台共计57个，包括国际合作平台1个、院士平台2个、省厅级科研创新平台10个、市级科研创新平台14个、校地合作平台30个。
在过去10年中，学校共获得纵向科研项目1061项（其中国家级项目62项），科研项目经费累计超过1亿元；获得国内外专利授权492件（其中发明专利79件，PCT15件）；获得政府奖67项（其中省部级以上科研奖励10项）。学校还连续举办三届“惠州学院?马来西亚理工大学联合学术研讨会”，并荣获“2016年中国产学研合作促进奖”和“2018年中国产学研合作创新奖”。
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