1965年6月，成立了“保山半农半读卫生学校”，校址位于保山城西南郊的小梨园现址。
1965年5月，学校更名为“保山专区卫生学校”。
1972年3月，保山滇西干部疗养所撤销，其房屋资产及全体人员并入卫生学校，校址迁至该所，位于保山城西太保山脚。原小梨园校址则作为学校生产基地保留。同年7月，保山地区卫生学校革命委员会成立。
1978年11月，学校正式定名为云南省保山卫生学校。1981年，保山地委决定在原卫校校址设立保山地区中医院，卫生学校迁回小梨园原址，并在该地进行校园扩建。1981年8月，根据中共保山地委的决定，保山卫生学校被定为县处级单位，继续由保山行署卫生局主管。
2000年起，学校与云南省电大合作开设临床医学专科班、“开放式”高级护理专科班、卫生事业管理本科班；与云南中医学院联合办学，成立了“云南中医学院滇西学院”，并开设了中西医结合专科班；与大理学院继续教育学院合作，建立了“大理学院继续教育学院保山分院”，开设临床医学专科班和本科班；与昆明医学院联合办学，开办临床医学“研究生课程班”。
2003年，护理专业被评为全国首批示范专业，中医专业成为全省唯一的骨干专业。同年9月，学校开始招收留学生班。
2006年2月，国家教育部根据相关法律及全国高校设置评议委员会的评议结果，同意在保山卫生学校的基础上建立保山中医药高等专科学校。9月，学校开始独立招收医学类普通大学专科学生，并计划在今后一定时间内保留中专层次的招生和办学。2009年，学校由保山市主管变更为“省市两级共建共管以市为主”，并升格为副厅级单位。
历任校长包括：李铭（2009.2-2016.9），陈林兴（2016.11-2019.7），殷建忠（2019.7-2020.1.19）。
截至2020年1月19日，学校官网显示教职工总数283人，其中专任教师258人，包括教授17名、副高职称人员54名、硕士研究生学位教师75名。学校还有昆明医科大学博士生导师1人、硕士生导师1人。此外，拥有国务院政府特殊津贴专家1人、国家中医药管理局“十二五”重点学科“中医人类学”学术带头人1名、云南省“万人计划”教学名师（云岭教学名师）1人、云南省高校教学名师6名、云南省名中医1名、云南省高校技能大师2名、云南省优秀青年中医3名、云南省有突出贡献优秀专业技术人才1名、省委联系专家2名，昆明市科技创新领军人才1人，永昌教学名师2名、市委联系专家1名、保山市技术创新人才3名、保山市学科带头人1名、保山市中青年学术和技术带头人5名、保山市有突出贡献优秀专业技术人才2人。
截至2020年1月19日，学校官网显示，现有中医学、针灸推拿、中医骨伤、中药学、临床医学、护理、药学、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、康复治疗技术、医学影像技术、医学营养、老年保健与管理和助产等14个专业招生。学校与昆明医科大学、云南中医药大学、大理大学合作开展成人学历教育，开设成人专科中医、临床医学、护理、中药和药学5个专业，合办成人本科中医学、中西医临床医学、中药学、针灸推拿学、临床医学、医学影像学、口腔医学、预防医学、护理学、康复治疗学、医学影像技术、医学检验技术和药学13个专业。
学校新校区占地544亩，建筑面积近20万平方米，总投资约10亿元，于2017年3月正式投入使用。老校区保留部分占地面积11亩。现有固定资产总值29853.77万元（不含土地、房产），教学科研仪器设备总值7000余万元，馆藏图书27.54万册，年订阅期刊600余种。
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