浙江海洋学院自1958年创立以来，历经多次变革与发展。1998年，原浙江水产学院与舟山师范专科学校合并，形成了今天的浙江海洋学院。此后，舟山卫生学校、浙江水产学校、浙江省海洋水产研究所、舟山石化学校、舟山商业学校等教育机构（单位）相继并入。
浙江海洋学院在2000年1月得到国家教育部和浙江省人民政府的批准，成立了东海科学技术学院。2000年之后，上述学校（单位）逐步并入，为学院的发展注入了新的活力。
2005年，学院荣获硕士学位授权单位资格。到了2007年，浙江海洋学院普陀科学技术学院正式授牌，由舟山市普陀区人民政府与学院共建共管，设有高职部和中职部，主体性质为公办。
2013年，西校区、石化校区、医学院校区被拆除，主校区搬迁至长峙岛新校区。同年9月，杭州萧山校区投入使用，占地500亩，建筑规模达18.46万平方米，总投资86500万元。
2014年6月，浙江海洋学院普陀科学技术学院独立，更名为浙江舟山群岛新区旅游与健康职业学院。7月，根据浙江省人民政府办公厅的复函，浙江海洋学院萧山校区将350亩土地及地上建筑物转让给浙江师范大学，成立浙江师范大学萧山校区。
2015年9月，浙江海洋大学与汤加王国首相波希瓦签署教学科研合作备忘录，决定共建中汤国际海洋大学。2016年3月，学校正式更名为浙江海洋大学。
以下是浙江海洋大学历任校领导：
- 冯士：1999.6-2005.8.15任浙江海洋学院院长；
- 苗振清：2005.8.15-2012.02.16任浙江海洋学院院长；
- 吴常文：2012.02.16-2016.05任浙江海洋学院院长；
- 吴常文：2016.05-2017.7.28任浙江海洋大学校长；
- 严小军：2017.11.12-2018.12.06任浙江海洋大学校长；
- 陈建孟：2018.12.06-2020.02.17任浙江海洋大学校长。
截至2020年2月17日，学校官网显示，全日制在校学生达11202人，教职工1127人，其中专任教师781人。专任教师中，具有博士学位者392人，高级专业技术职务者417人，正高级技术职务者150人。学校还拥有双聘院士11人，国家级特聘专家、国家“万人计划”、教育部“长江学者”等35人，浙江省特级专家、“钱江学者”特聘教授等80人，省级教学、科技创新团队10个。
截至2020年2月17日，学校官网显示，现有省一流学科A类2个、B类7个，水产学科在2019软科中国最好学科排名中位列第三，海洋科学学科位列第七。设有9个一级学科硕士点，5个专业硕士学位类别，并具有同等学力硕士学位授予权。开设48个本科专业，其中国家一流专业2个，国家特色专业2个，省一流专业10个，省重点专业9个，省优势专业4个，省新兴特色专业8个。
学校总占地面积2608亩（海域使用面积720亩），校舍建筑面积48.2万平方米，纸质图书187.9万册，教学科研仪器设备资产超过4.3亿元。
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