王仲文：1992.6-2001.3；陈子真：2001.3-2015.10；毛明：2015.10至今，担任北京电子科技学院院长。
学院成立于1992年，2008年，中南海业余大学宣布撤销。
2011年1月19日，北京电子科技学院与西安电子科技大学签订了专业联合培养硕士学位研究生协议，将学术型研究生学科从单一的密码学扩展至通信与信息系统、计算机应用技术。同年10月17日，学院通过了“服务国家特殊需求人才培养项目”试点工作审核，获得在“电子与通信工程”、“计算机技术”两个工程领域开展硕士专业学位研究生教育工作的资格。
2012年，学院成为第一批入选国家级大学生创新创业训练计划的高校。
2018年3月，学校荣幸入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。
北京电子科技学院的前身是1947年8月在河北省平山县西柏坡成立的中央工委青年训练班。近60年来，学院经历了张家口军委工程学校、南京机校、北京机校、宣化机校、北京电子专科学校至北京电子科技学院六个发展阶段。1981年，经国务院批准成立北京电子专科学校，校址位于小汤山。1983年下半年迁至半壁店，并首次公开招收大专生。1992年，经国家教委批准，在原北京专科学校基础上建立北京电子科技学院，开始招收本科生，并增设函授教育。1993年，中央办公厅决定将中南海业余大学并入北京电子科技学院。1999年2月，学院迁至丰台新校园。
截至2019年12月30日，学校官网显示，学院设有4个系和2个教学部：密码科学与技术系、网络空间安全系、电子与通信工程系、管理系，以及思想政治理论教学研究部、人文社会科学教学研究部。开设9个本科专业。
同期，学校拥有1个一级学科学术型硕士授权点，1个专业学位硕士授权点（涵盖2个领域）；与西安电子科技大学联合培养3个二级学科学术型硕士点；与中国科学技术大学、北京邮电大学联合培养1个一级学科学术型博士点。北京电子科技学院致力于为全国各级党政机关培养信息安全和办公自动化专业人才，是一所隶属于中共中央办公厅的普通高等院校。学院的建设与发展得益于其独特的政治优势。
学院设有5个系：信息安全系、电子信息工程系、计算机科学与技术系、通信工程系、行政管理系；2个部：人文社会科学教学部、基础学科教学部；7个本科专业：信息安全、信息与计算科学、电子信息工程、计算机科学与技术、通信工程、行政管理、信息管理与信息系统，以及1个联合培养研究生专业：密码学。学院面向全国招生，属于提前录取院校。
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