首都医科大学的历史沿革可追溯至1960年9月12日，其时名为北京第二医学院。1985年8月22日，学校更名为首都医学院。随后，1986年8月27日，学校被定位为市属重点院校。1994年2月5日，经教育部批准，学校正式更名为首都医科大学。2000年9月12日，学校迎来了创院40周年纪念。到了2010年9月12日，首都医科大学庆祝创院50周年，并在同年入选国家“特色重点学科项目”建设高校。
2011年底，学校荣幸地被选为国家建设高水平大学公派研究生项目的一员。
2012年11月，首都医科大学成为教育部、原卫生部首批卓越医生教育培养计划项目试点高校。
2015年4月，学校再次获得教育部、国家中医药管理局的青睐，成为卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校。同年12月，北京市人民政府、国家卫生计生委、教育部决定共同建设首都医科大学。
2017年3月，学校入选北京市 “一带一路”国家人才培养基地项目。
2018年4月13日，首都医科大学成为京港大学联盟的创始成员。
2019年9月，学校入选省部共建协同创新中心。12月，首都医科大学携手其他5所医学院校，共同发起成立北京卓越医学人才培养高校联盟。
2019年12月，中国医学科学院发布的《2018年度中国医学院校科技量值报告》显示，首都医科大学综合排名位列前10位。
历任校长包括：
- 陈应谦：1980.8至1984.4；
- 李光弼：1984.4至1985.10；
- 徐群渊：1985.10至1994.6，任首都医学院院长；
- 徐群渊：1994.6至2002.3；
- 杜金香：2002.3至2004.11；
- 吕兆丰：2004.11至今，担任首都医科大学校长。
截至2020年1月6日，学校官网显示，全日制在校生总数为12422人，其中研究生4648人，本科生5309人，高专高职生1765人，留学生700人；成人教育学生3121人。学校和附属医院现有教职员工及医务人员42791人（校本部1470人，附属医院41321人），其中包括中国科学院院士3人、中国工程院院士4人；正高职称2596人，副高职称4164人；教授944人，副教授1303人；博士生导师689人，硕士生导师1124人；拥有7个国家级优秀教学团队，1个黄大年式教师团队，11个市级优秀教学团队，1名国家级教学名师、24名市级教学名师、1名青年教学名师、3名“高创计划”教学名师。
截至2020年1月6日，学校官网还显示，校本部设有10个学院、1个学部、1个研究中心、1所附属卫生学校；设有32个临床诊疗中心；开设24个本科专业、14个专科专业；拥有21所临床医学院（其中19所为附属医院）；此外，还设有38个临床专科学院、专科学系。
学校在教育部、国家卫生健康委员会“卓越医生教育培养计划”试点项目方面拥有6个项目；拥有7个国家级和10个市级特色专业、2个北京市一流专业；开设7门国家级和18门市级精品课程、5门国家级精品资源共享课程、1门国家级精品视频公开课；建立3个国家级和6个市级实验教学示范中心、3个国家级人才培养模式创新实验区和1个市级人才培养模式创新试验区、1个国家级大学生校外实践教育基地、5个北京市级校外人才培养基地和1个素质教育基地；并设有国家生命科学与技术人才培养基地、原卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都卫生管理与政策研究基地等。2014年，学校成功通过了教育部临床医学专业认证。
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