温州师范学院自1987年6月26日起，谷亨杰担任院长（1983年至1987年期间曾任温州师专校长）；李日增自1993年9月7日至1997年5月担任温州师范学院院长；马大康自1997年6月至2004年6月担任温州师范学院院长。蔡袁强自2008年3月至2015年7月担任温州大学校长；李校堃自2015年8月至2018年4月担任温州大学校长；赵敏自2018年9月至2020年2月1日担任温州大学校长。
2004年3月27日，全国高等学校设置评议委员会在四川成都召开会议，投票通过了温州师范学院与温州大学合并，筹备建立新的温州大学。
2004年4月5日，学校成功举办了全国高等师范院校外语教学研究协作组的2004年学术年会。
2004年5月，中国红蜻蜒集团捐赠100万元，用于成立温州师范学院美术学院鞋靴科技创新基金会。
2004年5月14日至17日，学校承办了第五届全国生物数学年会。
2004年5月19日，教育部办公厅发布教发厅函[2004] 23号文件，同意在温州师范学院与温州大学合并的基础上筹备温州大学，筹备期为一年。
2004年5月20日，学校选送的4名学生在浙江省第四届大学生艺术声乐、器乐（专业组）专场比赛中，分别获得一、二等奖各1个，三等奖2个。
2004年5月，教育部批准在温州师范学院与温州大学合并的基础上筹备新的温州大学。
温州师范学院开设有国际经济与贸易、社会工作、汉语言文学、英语、广告学、编辑出版学、艺术设计、动画、信息与计算科学、统计学、电子信息工程、通信工程、计算机科学与技术、环境工程、食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、信息管理与信息系统、工程管理、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、人力资源管理、电子商务、行政管理、公共事业管理、劳动与社会保障等专业。学校设有18个二级学院，包括人文学院、法政学院、经济与管理学院、外国语学院、数学与信息科学学院、物理与电子信息学院、化学与材料科学学院、生命与环境科学学院、计算机科学与工程学院、美术学院、音乐学院、体育学院、教育科学学院、学前教育学院、初等教育学院、瓯江学院、成人教育学院、继续教育学院，共计50多个本专科专业，6个硕士学位授予点。
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