1958年，中共浙江省委作出决策，创建了一所高等林业学府，命名为“天目林学院”。同年6月，由省林业厅主导，建德地委选派党政干部，以及一批著名教授和留学归国的学者共同参与学院的筹备工作。最初设立的专业包括林业、木材采伐与运输机械化、木材机械加工和林产化学加工工艺，计划招生规模为400人。1959年7月，省委和省人委决定将温州林学院与天目林学院合并。1960年2月，浙江农学院、天目林学院和舟山水产学院合并，成立了浙江农业大学。1962年2月，省委决定将天目林学院从浙江农业大学中分离，划归省教育厅管理，党委工作则归省高校党委领导。原本由省农科院领导的林科所划归省林业厅和天目林学院共同领导。1966年9月，省人民委员会同意将“天目林学院”更名为“浙江林学院”。1970年7月，省革委会决定浙江林学院与浙江农业大学合并。1978年4月，省革委会决定将浙江农业大学林学系改为浙江农业大学天目分校。1979年2月，国务院批准恢复浙江林学院，设立林学、林业特产专业，学生规模定为1000人。1981年12月，国务院批准浙江林学院成为首批学士学位授予单位。1986年7月，根据省委、省政府的指示，浙江林学院的管理由省林业厅转交省教委。
1997年11月，学校顺利通过了国家教委的本科教学合格评价。
2000年7月，浙江省林业干部学校整体并入浙江林学院。
2000年12月，浙江省发展计划委员会批复同意浙江林学院扩建。
2003年9月，国务院学位委员会正式批准该校为硕士学位授予单位。
2007年5月，学校以优异成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。2010年3月，经教育部批准，浙江林学院更名为浙江农林大学。
2013年1月，浙江农林大学申报的“竹资源与高效利用人才培养项目”被国务院学位委员会批准为服务国家特殊需求博士人才培养项目，可授予博士学位的学科为林学。
2014年，浙江省人民政府与国家林业局签订共建浙江农林大学协议。
2017年6月，浙江农林大学举行了动物科技学院的揭牌仪式。
王宪恩：1978.7-1984.2担任浙江林学院院长； 戎文治：1984.7-1987.1担任浙江林学院院长；刘茂春：1987.1-1990.10担任浙江林学院院长； 忻士文：1990.10-1992.9担任浙江林学院院长； 田荆祥：1992.9-1998.8担任浙江林学院院长； 方志刚：1998.8-2000.7担任浙江林学院院长； 张齐生：2000.7-2008.12担任浙江农林大学校长； 周国模：2008.12-2017.04.14担任浙江农林大学校长；应义斌：2017.04.14-2020.02.17担任浙江农林大学校长。
截至2020年2月17日，学校官网显示，学校现有教职工2230余人，其中专任教师近1300人，高级职称700余人。学校拥有中国工程院院士1人、共享院士5人、浙江省特级专家2人、国家教学名师1人、“长江学者”特聘教授2人、国家“杰出青年科学基金”获得者2人、国家“万人计划”领军人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选5人，“长江学者”青年学者1人、中宣部“四个一批”人才1人、科技部创新领军人才1人。
截至2020年2月17日，学校官网显示，设有16个学院（部）和1个独立学院，开设64个本科专业，其中国家级特色专业4个，国家专业综合改革试点项目1个，国家新工科项目1个，国家卓越农林教育人才培养计划专业7个，省级重点专业12个，省级优势专业7个，省级特色（含新兴特色）专业9个；现有浙江省一流学科（A类）3个，浙江省一流学科(B类)9个，浙江省重点建设高校优势特色学科1个；国家林业和草原局重点学科与重点培育学科5个；ESI学科领域全球前1%学科4个。
截至2020年2月17日，学校官网显示，学校现有东湖、衣锦、诸暨3个校区，占地面积3200余亩，校舍建筑面积90余万平方米，仪器设备总值4.73亿元。
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