1999年，潍坊广播电视大学（寿光分校）、寿光师范学校（职能）、山东经济职业技术进修学院（1998年创建）、寿光成人中专、寿光市职工中等专业学校（1993年创建）、寿光第一职业中专（1988年创建）、潍坊化工学校（1993年创建）、寿光劳动技校（职能）等多所学校合并，共同组建了齐鲁经济学院（专修）。
同年，寿光师范学校撤销，其（资源）并入寿光第一中学。
到了2001年，齐鲁经济学院（专修）、寿光成人中专、寿光市第七职业高中（1987年创建）、寿光中等专业学校合并，形成了潍坊科技职业学院。
2005年，潍坊市水产职业中等专业学校（1995年创建）加入潍坊科技职业学院大家庭。
2008年4月，经过国家教育部和山东省人民政府的同意，潍坊科技职业学院升级为全日制普通本科高校，并更名为潍坊科技学院，由山东晨鸣纸业集团股份有限公司投资举办。
同年，寿光市劳动技校、寿光教师进修学校（1999年由寿光劳动技校更名）、寿光市盐业技校、寿光市体育竞技学校等机构并入潍坊科技学院。
2012年，教育部与山东省人民政府签订了《关于支持黄河三角洲高效生态经济区和山东半岛蓝色经济区发展战略共建潍坊国家职业教育创新发展试验区的协议》，潍坊科技学院成为该试验区的试点院校。
2015年，学校承担了为总参通信部、第二炮兵部队定向培养直招士官的任务，招生总计划为180人。
2016年，学校继续承担为中央军委联合参谋部、火箭军、海军定向培养士官的任务，招生总计划增至330人。
崔效杰：1998年8月至2001年6月担任齐鲁经济学院院长，2001年6月至2008年4月担任潍坊科技职业学院院长，2008年1月至2010年8月，担任潍坊科技学院院长。李昌武：2010年8月至2012年6月、2018年7月至2020年1月14日，担任潍坊科技学院院长。
截至2020年1月14日，学校官网显示，教职工总数超过1900人，其中包括中国工程院院士尹伟伦教授（名誉校长）、李天来教授等知名专家学者。学校引进了张友祥、崔希海、李强、宋彧等博士生导师，副高级及以上教师525人，硕士及以上学位者1147人，双师型教师463人。此外，3人被评为山东省首席技师，4人获得“富民兴鲁”劳动奖章、齐鲁巾帼发明家称号，17名校级学科带头人，48人受聘为东北师范大学、沈阳工业大学、山东农业大学、山东师范大学等高校的博士生导师或硕士生导师。
截至2020年1月14日，学校官网显示，学校设有贾思勰农学院、中印计算机软件学院、建筑工程学院、电气自动化学院、机械工程学院、化工与环境学院、经济管理学院、工商管理学院、外语与旅游学院、艺术与传媒学院、教师教育学院、护理学院、士官学院等16个二级学院，开设41个本科专业和38个专科专业。其中，教育部综合改革试点专业、卓越农林人才培养试点专业各2个，省级优势特色专业5个。学校培育了园艺技术、海洋化工、机械电子、信息技术等优势学科专业群，形成了以工学为主体、农学为特色，涵盖工学、农学、理学、文学、管理学、教育学、艺术学、医学等多学科的协调发展体系。
截至2020年1月14日，学校官网显示，校园占地面积超过2400亩，校舍建筑面积达76万平方米，教学科研仪器设备总值1.56亿元，馆藏图书超过145万册，全日制在校生3.1万余人。
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