王慧敏自2011年9月至今担任北京农学院院长职务；王有年曾任院长，任期2004年6月至2011年8月；孙尧东任期2000年11月至2004年6月；杨舟在1985年至1992年6月担任此职务；门常平则在1992年7月至2000年11月担任院长。
北京农学院，作为一所具有独特风格、多学科融合的北京市属都市型高等农业院校，其历史源头可追溯至1956年创立的河北省通县农业学校。该校经过多次变革，于1965年正式晋升为大学，并在1978年经国务院批准，定名为北京农学院。北京农学院自1958年更名为北京市农业学校，1961年迁至现址，并于1965年升级为北京农业劳动大学，但在“文革”期间一度停办。1978年，学校在现址重建，1998年通过国家教育部本科教学工作合格评价，2004年再次通过国家教育部本科教学工作水平评估，并获得“良好”评级。
截至2019年12月30日，根据学校官网信息，北京农学院现有11个二级学院和4个教学部，开设28个本科专业及8个硕士学位授予点。在校学生总数超过8000人，其中研究生156人。学校已构建起以本科教育为主体，涵盖研究生教育、高等职业技术教育和成人高等教育在内的多类型、多层次的都市型高等农业教育人才培养体系。学校位于回龙观文化区北端，邻近中关村生命科学园区和八达岭高速公路。学校秉持培养具备创新精神和创业能力的应用型复合型现代农业人才为核心，致力于打造和完善都市型现代农业高等教育体系。
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