新疆医学院历史沿革中，多位院长先后执掌校印：阿曼吐尔?巴伊扎克夫自1978年3月至1983年5月担任院长；张家麟于1983年9月至1991年10月担任院长；沙比提?伊斯拉木自1991年10月至1998年6月担任院长；哈木拉提·吾甫尔自2008年4月至2017年3月任校长；凯赛尔·阿不都克热木则在2017年3月至2020年2月18日担任校长。
新疆医学院的前身，即“新疆医学院”，荣幸地被纳入国家“一五”计划的156个重点项目之一。该校成立于1954年，并于1956年7月正式招生。1956年10月15日，首届233名临床医学本科生举行了盛大的开学典礼。当时，来自上海医学院、北京医学院、中国医科大学、山东医学院等内地十多所知名院校的医疗专家和教学骨干，共同组成了新疆医学院的初创教学团队。1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并，成立了新疆医科大学，并由时任中共中央总书记江泽民亲自题写校名。
根据2020年2月18日的学校官网信息，新疆医科大学教职工总数为16175人，其中校本部教职工1550人。专任教师902名，临床教师1212人。全校教授226人，副教授685人。学校人才济济，6人入选国家“新世纪百千万人才工程国家级人选”，4人获得新世纪优秀人才支持计划，58位专家享受政府特殊津贴，5人被评为卫生部有突出贡献中青年专家，1人荣获国家杰出青年基金奖，1名国家级教学名师，2人获得国家何梁何利基金奖，37人获得自治区突出贡献优秀专家称号，15名自治区级教学名师，2009年、2010年连续两年获得国家科技进步奖二等奖。
截至2020年2月18日，学校官网显示，新疆医科大学设有14个学院（包括中医学院、基础医学院、药学院、护理学院、医学工程技术学院、公共卫生学院、语言文化学院、口腔医学院、维吾尔医学院、临床医学院、研究生学院、继续教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、厚博学院），以及2个教学部（人文社会科学部、体育教学部）。此外，学校拥有6所附属医疗机构，以及新疆自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等9所医疗机构作为临床教学医院。学校共开设23个本科专业和22个专科专业。
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