福建医科大学，作为福建省的重点建设高校之一，拥有悠久的历史背景。该校的前身可追溯至1937年创立的福建省立医学专科学校。经过一系列的变迁，1939年更名为福建省立医学院，1949年改称福建医学院。到了1969年，福建医学院与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，正式成立福建医科大学。1982年再次更名为福建医学院，直至1996年4月定名为现名，其附属医院也随之更名。
2003年，福建省人民政府将其确定为省重点建设高校，同年该校以优异的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
自2011年起，该校开始筹建“福建医科大学附属第三医院”，并于2019年1月29日对外试运营。
2012年11月，福建医科大学入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。
2013年1月，该校成为国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。
2018年3月，福建医科大学被选为福建省一流学科建设高校。
2019年7月，该校又入选福建省一流大学建设高校。
以下是历任校领导名单：福建省立医学专科学校校长：候宗濂(1937.6－1939)；福建省立医学院院长：候宗濂(1939~1943.2)、李鼎勋(1943.2~1946.7)、刘建绪(1946.7～1946.11)、黄震亚(1946.11～1949.8)；福建医学院院长：黄震亚(1949.8～1954.7)、黄开云(1954.7～1957.7)、浦敬诠(1957.7～1965.10)；福建医科大学校长：浦敬诠(1978.10～1983.12)；福建医学院院长：邹宁生(1983.12-1986.9)、殷凤峙(1986.9-1992.7)、康仲涵(1993.9-1997.8)、陈丽英(1997.8-2002.9)；福建医科大学校长：陈元仲(2002.09-2018.10.18)、陈晓春(2018.11.06-2020.1.28)。
截至2020年1月29日，学校官网显示，现有专任教师1574名，其中具有博士学位教师占42.31%，教授491人，副教授578人。该校还拥有众多国家级和省级高层次人才，包括“万人计划”、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、国家/卫生部有突出贡献中青年专家等。
此外，福建医科大学设有6个博士学位授权一级学科（涵盖43个二级学科），2个博士专业学位授权点，8个硕士学位授权一级学科，6个硕士专业学位授权点。学校拥有2个博士后科研流动站，4个博士后工作站，3个院士工作站，博士点总数在全国独立设置医学院校中排名第8。
学校现有上街、台江两个校区，规划占地约1500亩，设有21个学院（部），27个本科专业，其中国家级特色专业4个。现有教职医护员工11400多人（含附属医院），在校全日制学生16000多人。福建医科大学已与全球120多所高校和科研院校建立了广泛的交流合作关系。
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