1907年，清朝末期，吉林东局子见证了“吉林农学堂”的诞生；
1937年，学校更名为“第一国民高等学校”，并迁址至吉林八百垅，后与白山斋斋农林学校合并，改称“吉林省立农科职业学校”。
1948年5月8日，学校迁至吉林九站，更名为“吉林省立农业学校”；
1949年冬季，学校从九站迁至吉林市江南地区，更名为“吉林省立农业专门学校”，设立农业、畜产兽医、农田水利三个专业，修业期限为四年。当时在校生243人，毕业生47人。
1950年，增设林业专修科，同年10月，学校临时迁至吉林省桦甸县朝阳沟；
1951年，人民政府拨款50亿（当时货币），在吉林市郊区建设新校舍，年底校舍落成后迁回新址；
1951年12月，学校更名为“吉林省农业技术学校”，改制为中等专业学校。同年8月，林学专业并入吉林省林业学校；
1953年，学校更名为“吉林省农业学校”；
1954年，水利专业并入沈阳东北水利学校，迁出教师17名，学生78名；
1957年2月，通化农校并入吉林省农业学校，迁入学生322人和部分教师，在校生人数达到2402人，教职工400人，其中教师190人。
1999年，大专增设食品包装工程、食品工程技术两个专业，2000年开始招生；
1999年10月，学校更名为“吉林特产高等专科学校”，年末，在校生2670人（大专1487人，中专1183人）；
2002年1月，周建华同志被任命为吉林特产高等专科学校党委书记兼校长；
2004年2月，学校与吉林传播学院签订联合办学协议；经省政府批准，与北华大学农业技术学院合并，组建吉林特产学院；
2004年3月27日，国家教育部专家组在四川对全国升本学校进行评估，我校全票通过，正式更名为“吉林农业科技学院”。
现任领导：
周建华：2002.1-2004.5任吉林特产高等专科学校校长；周建华：2004.5-2006.4任吉林农业科技学院院长；栾立明：2006.4-2013.8；苏显学：2013.8-2016.12任吉林农业科技学院院长；张立峰：2017.01至今任吉林农业科技学院院长。
截至2020年1月10日，学校官网显示，设有经济管理学院、动物科技学院、中药学院、农学院、生物与制药工程学院、食品工程学院、电气与信息工程学院、机械与土木工程学院、外国语（国际交流）学院等9个办学学院，以及马克思主义学院、体育教研部和继续教育学院等教学机构。
截至2020年1月10日，学校官网显示，学校拥有九站和左家两个校区，占地面积106.6万平方米，建筑面积29.3万平方米，教学科研仪器设备总值达1.51亿元。图书馆藏书105万册，电子图书61.9万册，拥有中外文数据库19个，标本馆收藏野生动植物标本3100余件。
截至2020年1月10日，学校官网显示，教职工总数878人，其中教授70人、副教授220人，博士（含在读）142人、硕士542人，“双师型”教师241人。国家第三批“万人计划”科技创新领军人才1人，国家级黄炎培职业教育杰出教师1人，吉林省拔尖创新人才3人，吉林省有突出贡献中青年专业技术人才3人，吉林省“双百人才”3人，省级教学名师6人，省级黄炎培职业教育杰出教师2人，吉林省高校科技创新团队1个，吉林省优秀教学团队6个、吉林省高等学校名师工作室2个。
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