广西壮族自治区立医学院自1934年7月创立以来，于10月招收首批六年制本科生，标志着广西高等医学本科教育的开端，并成为全国最早设立医学院校的22所学校之一。历经四次校名更迭和七次校址迁移，该校在1937年2月增设多个专业课程以支持抗战，包括军医、司药、看护和担架军士及毒气疗法训练班等。1944年春，因医学专家和教授团队壮大，教学质量提升，该校荣获教育部电令嘉奖，被誉为全国前三名。同年夏，因日寇南侵，师生疏散至三江、八步等地，但始终坚持办学直至抗战胜利。1954年，校址迁回南宁津头村，并在1961年试行《高校六十条》，步入稳步发展阶段。1978年，该校开始招收硕士研究生和外国留学生，成为全国最早接收外国留学生的9所医学院校之一。1981年获得硕士学位授予权，1984年获得博士学位授予权，均为广西高校之先。1988年开始招收博士研究生，1992年正式更名为“广西医科大学”。
广西医科大学目前设有26个学院（部），拥有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学等4个博士后科研流动站，以及临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学等3个一级博士学位授权点，1个临床医学博士专业学位培养单位，10个一级学科硕士学位授权点，3个硕士专业学位培养单位。
以下是历任校长简介：龙祖彭（1984.5-1991.7）、马朝桂（1991.7-1998.5）、高枫（1998.5-2000.6）、唐步坚（2000.6-2005.12）、黄光武（2005.12-2012.4）、赵劲民（2012.4-2020.1.16）。
截至2020年1月16日，学校官网显示，现有专任教师1840人，其中正高职称555人，副高职称623人；博士生导师178人、硕士生导师690人。此外，还有国家“万人计划”人选3人，国家级人选3人，中青年专家7人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者7人，享受国务院政府特殊津贴专家78人，全国优秀教师和全国模范教师13人，2018-2022教育部高等学校教学指导委员会委员12人。
学校设有19个二级学院、1个教学部，包括基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院等，并拥有139个实践教学基地，13个校外研究生培养基地，1个医学人文技能培训基地，21个高等学历继续教育函授站。
广西医科大学已构建起学士、硕士、博士、博士后完整的教育培养体系，涵盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、教育学等7大学科门类，是国家首批硕士、第二批博士学位授权单位。拥有5个一级学科博士学位授权点，10个一级学科硕士学位授权点，2个临床医学博士专业学位培养单位，6个硕士专业学位培养单位，以及4个博士后科研流动站。其中，2015年临床医学博士后科研流动站被评为广西唯一全国优秀博士后科研流动站。
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