福建农林大学的历史可追溯至1936年创立的福建协和大学农学，学校经历了多次的分拆与合并。新中国成立后，福建协和大学农学院、厦门大学农学院、福建省立农学院等多院合并，形成了福建农学院。1958年，森林系独立出去，成立福建林学院。1994年，福建农学院更名为福建农业大学。2000年，福建农业大学与福建林学院合并，正式定名为福建农林大学。2003年，学校被定位为福建省的重点建设高校。
2010年，福建农林大学入选国家“特色重点学科项目”建设高校行列。
2011年底，学校荣获国家建设高水平大学公派研究生项目资格。
2013年1月，福建农林大学成为国家级大学生创新创业训练计划项目的成员。
2014年9月，学校被纳入国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校。
2016年11月，福建农林大学荣获全国高校实践育人创新创业基地称号。同年，还入选了教育部和国家外国专家局联合推出的“高等学校学科创新引智计划”（简称“111计划”）。
2018年3月，学校入选福建省“双一流”建设高校（福建省一流大学建设高校）。
以下是福建农学院和福建林学院历任院长的名单：江一真(1952.08-1956.10)、郭述尧(1956.10-1956.12)、李来荣(1956.12-1968.12)、杨浩林(1978.06-1983.12)、吴中孚(1983.12-1990.04)、陈启锋(1990.04-1990.09)、吕柳新(1990.09-1994.02)、许亚(1958.08-1969.06)、韩向阳(1978.03-1979.10)、罗少锋(1979.11-1984.02)、俞新妥：1984.2-1987.11任福建学院院长；陈启锋：1990.4-1990.9任福建农学院院长副主持工作；吕柳新：1990.9-1992.5任福建农学院院长副主持工作；吕柳新：1992.5-1998.8任福建农业大学校长；郑金贵：1998.08-2000.10任福建农业大学校长；郑金贵：2000.10-2010.12任福建农林大学校长；兰思仁：2010.12-2020.1.28任福建农林大学校长。
截至2020年1月29日，福建农林大学官网显示，学校教职工总数为3127人，其中专任教师1705人。学校拥有中国科学院院士1人、全国杰出专业技术人才2人，国家特聘专家14人，国家“万人计划”科技创新领军人才8人，国务院学科评议组成员4人，教育部“长江学者”8人，国家杰出青年科学基金获得者5人，国家优秀青年科学基金获得者7人，国家百千万人才工程人选13人，国家级有突出贡献的专家7人，科技部创新人才推进计划人选8人，教育部新世纪优秀人才支持计划5人，享受国务院特殊津贴35人。学校还拥有国家级教学团队2支、教育部创新团队1支、科技部“创新人才推进计划”创新团队2支和农业部创新团队2支，1个基地入选国家“高等学校学科创新引智计划”（“111”计划）。
截至2020年1月29日，福建农林大学官网显示，学校设有20个以全日制本科生和研究生培养为主的学院以及1个独立学院，现有全日制本科生2.2万人，研究生6300多人。学校开设本科专业79个，获批卓越农林人才试点专业8个、国家级专业综合改革试点项目2个、国家级特色专业9个、国家级实验教学示范中心2个、国家级大学生校外实践教育基地2个、国家级精品在线开放课程14门、国家虚拟仿真实验教学项目4个。福建农林大学入选教育部首批创新创业50强高校，全国高校实践育人创新创业基地。在“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛和“创青春”全国大学生创业大赛中，学校共七次荣获“优胜杯”。
福建农林大学率先对台湾开展单独招生，与台湾中兴大学、台湾海洋大学等合作举办6个闽台人才联合培养项目，与加拿大戴尔豪斯大学、加拿大英属哥伦比亚大学等高校联合举办了4个本科教育项目，与美国伊利诺伊大学、美国德州农工大学等高校开展国家留学基金委优本项目等学生联合培养项目，并与南非德班理工大学共建孔子学院。
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