1952年，东北河运学校正式创建。
1958年，东北河运学校升级为黑龙江交通学院，归属于交通部，并开始招收本科生。
1962年，黑龙江交通学院转变为黑龙江省交通学校。
1987年，黑龙江省交通学校升格为黑龙江交通专科学校。
1994年，黑龙江交通专科学校更名为黑龙江交通高等专科学校。
1997年，黑龙江交通高等专科学校被原国家教委认定为27所全国示范性普通高等工程专科学校之一。
2000年，与哈尔滨工程高等专科学校合并，正式成立黑龙江工程学院。
1953年，哈尔滨土木建筑工程学校建立。
1953年，长春测量地质技术学校（测量科）并入哈尔滨土木建筑工程学校。
1955年，哈尔滨土木建筑工程学校（测量科）改造为重工业部哈尔滨测量学校。
1956年，重工业部哈尔滨测量学校更名为冶金工业部哈尔滨测量学校。
1958年，冶金工业部哈尔滨测量学校升格为哈尔滨冶金测量专科学校。
1963年，哈尔滨冶金测量专科学校改设为哈尔滨冶金测量学校。
1985年，哈尔滨冶金测量学校升格为哈尔滨冶金测量专科学校。
1992年，哈尔滨冶金测量专科学校更名为哈尔滨测量高等专科学校。
1994年，哈尔滨测量高等专科学校更名为哈尔滨工程高等专科学校。
1998年，随着冶金工业部撤销，学校的隶属关系由中央部属高校变更为黑龙江省省属高校。
2000年，与黑龙江交通高等专科学校合并，升格成立黑龙江工程学院。
沈迪辰：1983.12-1988.10，担任哈尔滨工程高等专科学校校长；姜立本：1988.10-1992.9，担任哈尔滨工程高等专科学校校长；王振忠：1992.9-1997.4，担任哈尔滨工程高等专科学校校长；顾建高：1998.2-2000.11，担任哈尔滨工程高等专科学校校长；朱尚文：1983.12-1992.2，担任黑龙江交通高等专科学校校长；傅晓光：1992.2-1995.12，担任黑龙江交通高等专科学校校长；张铁军：1996.4-1999.5，担任黑龙江交通高等专科学校校长；苏群：1999.5-2000.2，担任黑龙江交通高等专科学校校长；苏群：2000.2-2000.11，担任黑龙江交通高等专科学校校长。魏兆胜：2000.11-2011.12，担任黑龙江工程学院院长；张洪田：2011.12-至今，担任黑龙江工程学院院长。
截至2020年1月22日，学校官网显示，共设有50余个本科专业，涵盖工、管、文、理、法、经、艺等多个学科门类。动力、光学、计算机等3个领域被国家国防科技工业局确定为国防特色学科；交通运输工程、测绘科学与技术等2个学科为省级重点建设一级学科。测绘工程专业为国家级特色专业；测绘工程、土木工程、机械设计制造及其自动化、材料科学与工程、车辆工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化等7个专业被纳入教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业，并全部通过中国工程教育专业认证，跻身全球工程教育“第一方阵”。
截至2020年1月22日，学校官网显示，图书馆藏书超过100万册，订阅中外期刊600余种。《黑龙江工程学院学报》、《测绘工程》、《交通科技与经济》等刊物公开发行。学校面向全国招生，现有全日制在校本科生12000余人，留学生60余人。
截至2020年1月22日，学校官网显示，现有教职工1300余人，其中专任教师近800人。学校设有二级学院（系、部）、继续教育学院、国际教育学院等16个教学单位。
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