郭亚：2003年至2008.7；夏云：2008.7-2014.5；聂鹰：2014.5-2017.6；余永强：2017.7至今，担任安徽医科大学临床医学院党院长。
学院自2003年5月始创，经国家教育部和安徽省人民政府批准，于合肥市蜀山区经济技术开发区翡翠路15号建立安徽医科大学临床医学院。
2017年11月，依据教育部26号令，安徽医科大学与安徽新华集团投资有限公司携手合作，共同举办安徽医科大学临床医学院。新校区坐落于合肥市新站区相山路789号。
安徽医科大学临床医学院是由安徽医科大学与合作方共同投资建设、教育部确认审批、按照办学成本合理收费、采用民办机制的独立学院。学院位于合肥经济技术开发区翡翠路15号，占地面积378.5亩，设计规模能满足4500名研究生、本科生学习、生活的基本需求，同时满足教学、科研需求。学院还配套建设了拥有1000张病床的安徽医科大学第二附属医院。学校与德国、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校建立了紧密的交流合作，包括互派专家学者、学生交流、资料共享以及科研合作。学院设有临床药理、皮肤病、卫生事业管理等65个省、校级研究所。
截至2019年12月29日，学院官网显示，已建立基础医学部、临床医学系、卫生管理学系、护理学系、药学系、公共课程部、思想政治理论课教学研究部和生物医学系，开设临床医学、康复治疗学、医学影像技术、护理学、药学、生物医学工程和公共事业管理等本科专业。2019年招生的本科专业包括临床医学、康复治疗学、医学影像技术、护理学、药学、生物医学工程和公共事业管理。这些专业均具有良好的发展前景，满足社会需求，是传统优势专业。学生完成规定课程和实践、实习内容，并通过考核，将获得教育部注册的安徽医科大学临床医学院毕业证书；符合条件的毕业生可申请安徽医科大学临床医学院的学士学位证书。学院配备了现代化的教学楼、学生公寓、餐厅、标准田径场、足球场、篮球场、综合训练馆、乒乓球馆、艺体馆以及计算机室、语音室、多功能报告厅等教学服务设施。安徽医科大学临床医学院致力于用优美的校园环境、一流的设施设备和严格的管理，为社会培养高素质的高级医学人才。
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