福建中医药大学，作为福建省的重点建设高校，源自1958年创立的福建中医学院。在2010年2月3日，经过教育部审核，福建中医学院成功升格为福建中医药大学，标志着我国高等中医药教育的重要进展。该校是我国最早创办的高等中医药院校之一，拥有11个国家中医药管理局重点学科和12个省级重点学科。
自2003年起，学校以学科建设为核心，推动相关内涵建设的全面发展，取得了显著成就。2008年，再次被纳入福建省重点建设高校行列。作为内地第一所招收台湾学生的中医药院校，福建中医药大学在1998年、2000年、2002年、2006年、2009年五次获得福建省委、省政府授予的“文明校园”荣誉称号。2002年12月，学校在教育部组织的本科教学水平评估中荣获“优秀”成绩，并于2003年成为福建省政府重点建设的8所高校之一。
2010年3月18日，教育部正式同意福建中医学院更名为福建中医药大学。
2013年1月，学校入选国家级大学生创新创业训练计划项目。
2015年4月，福建中医药大学成为国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校。
2016年，学校顺利通过了本科教学工作审核评估，康复物理治疗（PT）和作业治疗（OT）专业分别通过了世界物理治疗联盟（WCPT）和世界作业治疗联盟（WFOT）的国际教育标准认证。
2018年，学校入选福建省一流学科建设高校，其中中西医结合、中医学被评为福建省A类高峰学科，中药学、护理学、药学成为福建省高原学科，临床医学、管理学则入选福建省应用型学科。
2019年7月，学校被认定为福建省一流大学建设高校。
历任领导包括：俞长荣（1983.11-1987.1任福建中医学院院长）；杜建（1987.1-2008.5任福建中医学院院长）；陈立典（2008.5-2010.3任福建中医学院院长；2010.6-2017.10.18任福建中医药大学校长）；李灿东（2017.10.18-2020.1.28任福建中医药大学校长）。
截至2020年1月29日，学校官网显示，教职医护员工（含四所直属附属医院）总数超过3000人，其中高级职称专业技术人才500多人。学校拥有一批国家级和省级专家、名老中医学术继承人指导老师、杰出青年中医、优秀教师等荣誉人才，包括2个国家级教学团队和7个省级教学团队。
学校设有13个学院（部），开设19个本科专业（不含专业方向）。拥有3门国家级精品课程、4个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、5个省级实验教学示范中心、1个国家级大学生校外实践教育基地和92项国家级大学生创新创业训练计划项目。在近两届教学成果评选中，获得国家级二等奖1项，省级特等奖3项、一等奖5项、二等奖9项。
校园占地面积1030亩，建筑总面积超过32万平方米，教学科研仪器设备总值3.8亿多元，纸质图书129万册、电子图书88万册，为师生提供了优越的学习和研究环境。
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