黄水莲（厦门卫生学校书记）王斌：自2006年9月至2015年12月26日担任厦门医学高等专科学校校长；吴小南：自2016年5月至2017年6月担任厦门医学高等专科学校校长；吴小南：自2017年6月至2020年1月29日担任厦门医学院院长。
厦门医学高等专科学校成立于1953年9月，由闽南地区唯一的公立护士学校——厦门护士职业学校、厦门医士学校和厦门第二医院护士学校合并而成。在“文革”期间曾一度停办，1972年恢复办学。2001年，经市政府批准，在学校成立厦门医学高等专科学校筹建处，负责组建厦门医高专。2002年，厦门医高专通过省高校设置评审委员会考察，经省长常务会、省委常委会议决定，报教育部验收，并于2003年秋季开始招生。2007年3月16日，中华人民共和国教育部同意在厦门卫生学校基础上建立厦门医学高等专科学校。厦门卫生学校原为市属中专。
2014年8月，学校启动了502亩新校区的规划建设。
2015年7月14日，厦门市人民政府办公厅成立了厦门医学院筹建工作领导小组。
厦门医学院
2016年3月，学校获得国家教育部批准，正式建立厦门医学院。
截至2020年1月29日，学校官网显示，现有专任教师302人，其中教授33人，副教授67人，占专任教师总数的33.1%；拥有博士学位的86人，硕士学位的154人，硕士学位以上占专任教师总数的79.5%；“双师型”教师154人，占51%；兼职教师81人，占专任教师的26.8%。学校还拥有省级教学名师5人，省级专业带头人2人，省百千万人才1人，省高校杰出青年科研人才3人，省百千万工程领军人才1人，厦门市台湾特聘专家1人、台湾特聘专才4人和台籍教师2人。此外，学校拥有1个福建省教学团队（高职高专）。
截至2020年1月29日，学校官网显示，设有基础医学部、临床医学系、口腔医学系、护理系、药学系、医学技术系、思想政治理论课教研部、体育教研部、外语教研部和心理健康中心等10个教学系部，开设15个本科专业和17个专科专业。
截至2020年1月29日，学校官网显示，学校已建立校企共建校内实践教学基地4个（包括生物制药、药物制剂GMP车间生产性实训基地、杰登义齿加工生产性实训基地、福建国大药房厦门医学院校中店和厦门铭嘉眼镜校中店），以及校外实践教学基地147个（包括厦门市第一医院等11家教学医院和136家校外实习基地）。
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