蚌埠医学院，成立于1958年7月，由上海第二医学院（现上海交通大学医学院）与安徽医学院（现安徽医科大学）共同援建，是安徽省属的重点高等医学本科院校，也是国家首批授予学士和硕士学位的单位。1968年8月，经安徽省革委会批准，更名为蚌埠反修医学院；1970年11月，安徽省革委会决定将安徽省四所高等医学院校合并，蚌埠反修医学院改称为安徽医学院蚌埠分院；1974年6月，国务院科教组发文恢复蚌埠医学院的名称。
学院最初位于安徽省蚌埠市治淮路801号，2005年9月，新校区建成并投入使用。新老校区总面积达1098亩，总建筑面积约为33万平方米。
目前，学校教职工总数超过3000人，其中包括副高以上专业技术职称的658人，教授及副教授共305人。此外，还有省学术和技术带头人及后备人选17人，省教育厅拔尖人才、省高校中青年学科带头人培养对象15人，省高校中青年骨干教师38人，全国优秀教师6人，全国和省五一劳动奖章获得者3人，省模范教师3人，省优秀教师8人，享受国务院、省政府特殊津贴的专家52人。
学校设有1个国家级特色专业，5个省级特色专业，2个省级教改示范专业，3个省级专业综合改革试点专业。此外，还有9个省级重点学科、特色专科，4门省级重点建设课程，13门省级精品及精品资源共享课程。学校还拥有2个国家级临床重点专科、扶持专科，1个国家药品试验中心一期临床研究室，3个省级重点实验室，1个省级工程技术中心，1个省人文社科重点研究基地，1个省级产学研战略联盟，2个省级实验教学示范中心，2个省级人才培养模式创新实验区，3个省级教学团队。学校公开出版发行《蚌埠医学院学报》、《解剖与临床》、《中华全科医学》三种学术刊物。
历届院长包括祝延（2003.8至2015.08）、陶仪声（2015.08至今）、舒恩余（1997.6至2000.5）、吴昭德（1988.6至1997.6，以及2000.5至2003.7）。
1958年7月，为促进安徽地区的建设发展，国家决定将上海第二医学院部分迁至蚌埠，并从安徽医学院抽调了一批优秀师资，共同创建了蚌埠医学院。1958年底至次年初，学院曾一度划归市管。
1968年8月，学院更名为蚌埠反修医学院，年底师生除留守人员外，均前往泗县三里湾参与新汴河的劳动，后来又转到泗县、宿县劳动，持续时间约一年。
1970年11月，安徽省革委会决定将安徽省四所高等医学院校合并为安徽医学院，蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院。
1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院的名称。
1979年，学校开始招收硕士研究生，成为我国首批硕士学位授予单位。2003年，获得临床医学硕士专业学位授予权，并于2004年开始培养临床医学专业硕士学位研究生。
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