北京协和医学院，作为中国医学教育的重要基地，承载着深厚的历史底蕴。该院校自1915年起开始筹建，1916年确定校址并动工，至1921年正式落成并命名。北京协和医学院是洛克菲勒基金会在中国最大的投资项目，其教学体系和经验直接来源于美国约翰·霍普金斯医学院，与现今的美国协和大学同属一个系统。2013年5月，北京协和医学院被选为国家第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。
2017年9月，北京协和医学院荣列国家首批世界一流学科建设高校。
2018年8月，中国医学科学院北京协和医院与中国科学院达成共建健康科学研究中心的战略合作协议。同年11月，北京协和医学院携手其他9所“双一流”建设高校，共同成立了医学“双一流”建设联盟。
2019年12月，北京协和医学院与其他6所医学院校联合发起成立了北京卓越医学人才培养高校联盟。同期，中国医学科学院发布的《2018年度中国医学院校科技量值报告》显示，北京协和医学院综合排名进入前10位。北京协和医学院由教育部和卫生部双重领导，与中国医学科学院实行院校合一的管理体制，下设19个研究所、6家医院、4个教育学院、1个研究生院及实验动物学部。
纽约中华医学基金会，作为洛克菲勒基金会的一部分，成立于1914年，1928年独立法人化，主要为北京协和医学院提供资助。1951年停止资助，1980年后重新支持中国医学教育。除了协和医学院，洛克菲勒基金会及其中华医学基金会还对多所医学院校和医疗机构提供过经济援助，并支持中国医学界人员到协和医院或海外进修的机会。中华医学基金会的支持范围广泛，包括医学名词统一、医学文献翻译出版，以及农村卫生事业和古生物学研究等，对中国近代医学教育和医药卫生事业产生了深远影响。
历任校长包括：
- 黄家驷：1959至1983年；
- 吴阶平：1983至1984年；
- 顾方舟：1985至1992年6月；
- 巴德：1992年7月至2001年8月；
- 刘德培：2001年9月至2011年8月，担任中国协和医科大学校长；
- 曾益新：2011年8月至2015年11月；
- 王辰：2018年1月至今，担任北京协和医学院院长。
截至2020年1月6日，学校官网信息显示，北京协和医学院具备强大的科研实力和疑难重症临床医疗能力，学科领域涵盖基础医学、临床医学、预防医学、药学以及相关的基础学科。学校设有18个研究所（含5个分所）、7所临床医院、5所学院、1个研究生院和5所分院。拥有6个国家级重点实验室、10个部门开放实验室、2个国家级工业试验基地、17个国家级中心、6个博士后科研流动站以及11个世界卫生组织合作中心。
同时，截至2020年1月6日，学校官网显示，北京协和医学院拥有中国科学院和中国工程院院士24人（未调离、未离世），教育部“长江学者奖励计划”特聘教授15人，讲座教授2人，国家级杰出青年基金获得者32人，国家级和部委级有突出贡献的中青年专家89人，国务院学位委员会委员1人、学科评议组成员9人（其中3人为组长），在岗博士生导师398人，硕士生导师665人。
北京协和医学院在学科建设方面成果显著，现有一级学科博士授权专业点7个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。学校设有2个一级学科国家重点学科，8个二级学科国家重点学科，2个三级学科国家重点学科，以及1个国家重点培育学科。
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