济宁学院自1971年3月创立，经当时济宁地革委核心领导小组审批，在济宁师范学校和曲阜师范学院附中的基础上，成立了济宁地区师范专科学校。
1978年，学校转型升级，更名为济宁师范专科学校，正式成为全日制普通高等学校。
1998年，济宁教育学院整体并入济宁师范专科学校，教育资源得到进一步整合。
2000年，济宁师范学校（成立于1970年的济宁县五七师范学校，后历经几次更名）与济宁艺术学校一同并入济宁师范专科学校，教育资源不断丰富。
2006年3月，曲阜新校区全面投入使用，为学校发展翻开新篇章。
2007年3月，济宁师范专科学校成功升格为本科院校——济宁学院。
2008年11月，山东省曲阜师范学校并入济宁学院，进一步增强了学院的师资力量。
2012年10月，山东省人民政府决定采取“省市共建、以市为主”的管理模式，使济宁学院成为省属高校。
历届领导包括：戴洪德（1990.6-1999.6）、罗家英（1999.6-2007.3）担任济宁师范专科学校校长；吕灵昌自2007.3至今担任济宁学院院长。
根据2020年1月7日学校官网信息，济宁学院设有20个系（院、部），开设45个本科专业和23个专科专业。
截至2020年1月7日，学校官网显示，教职工总数为1249人，其中专任教师817人，教授67人，副教授250人；博士学位教师81人，硕士学位教师470人；兼职博士研究生导师2人，硕士研究生导师25人；享受国务院特殊津贴者4人，山东省有突出贡献的专家1人，山东省教学名师6人；此外，还有3个省级教学团队。
在专业建设方面，截至2020年1月7日，济宁学院拥有省级特色专业8个、省级精品课程24门、省卓越人才培养计划试点专业2个、省应用型人才培养专业发展支持项目专业2个、省级实验教学示范中心1个、省级教师教育基地1个、省三星级科普教育基地1个，并承担了14项省级教学研究与教学改革立项。
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