1986年11月，原南阳地区行署作出决策，创建南阳大学。
1992年1月，南阳大学与南阳电大分校实现合并。
1993年1月，国家教委正式复函河南省人民政府，同意在筹备六年的南阳大学基础上，成立南阳理工学院。与此同时，张仲景国医大学撤销，其建制并入南阳理工学院。
1993年12月，南阳理工学院与南阳电大分立，各自独立办学。
2005年，原南阳一师并入理工学院，基础教育学院正式成立，6月24日举行了基础教育学院揭牌仪式。
2004年5月，经国家教育部批准，南阳理工学院成功升格为本科院校。
2005年，南阳一师再次并入，基础教育学院在南阳理工学院内得以延续。
2011年，学校被批准为“卓越工程师教育培养计划”试点高校。
2016年，南阳理工学院入选数据中国“百校工程”培育院校名单。
2017年，学校荣获“河南省综合实力20强领军高校”称号。
2018年11月，南阳理工学院被评为2018年度全国创新创业典型经验高校50强之一。
南阳理工学院历任校（院）长如下：
张洪华：1986年至1993年6月，担任南阳大学校长；薛谦让：1993年6月至2010年10月，担任南阳理工学院院长；姚锡远：2010年10月至2015年1月，担任南阳理工学院院长；刘荣英：2015年2月至2020年2月15日，担任南阳理工学院院长。
学院领导名单如下：
校党委书记：刘建
校长、党委副书记：姚锡远
党委副书记：郭建生
党委副书记、纪委书记：李宏
副校长：刘荣英、王万鹏、张伟、肖泽昌、陈世云、张铟
工会主席：周礼春
副校级调研员：黄林江
截至2020年2月15日，据学校官网显示，教职工总数为1658人，其中高级专业技术职务者560人，博士、硕士学位获得者1116人。学校拥有河南省优秀专家、省政府特殊津贴专家、优秀管理专家、省学术技术带头人11人，省教育厅学术技术带头人25人，建立了20个省、校级创新型科技团队和优秀教学团队，设有“河南省博士后研发基地”，并聘请了多位两院院士、知名专家学者担任兼职教授。学校秉持“教学为重，教学与科研并重，以教学推动科研、以科研提升教学质量”的办学理念。
截至2020年2月15日，学校官网显示，现有19个教学院部，涵盖理、工、管、文、经、教育、法、医、艺术等9大学科领域，开设52个本科专业。其中，9个专业被列为教育部、省教育厅“卓越计划”试点专业，16个专业为省级重点学科、特色专业以及专业综合改革试点，10门课程被评为国家级、省级精品课程、精品资源共享课、精品在线开放课程等。
截至2020年2月15日，图书馆文献信息资源丰富，馆藏总量达326.6万册（截至2018年底），其中纸质图书160万册，电子图书166.6万种（册）。图书馆自建和购买了“馆藏数字书库”、“南工文库”、“仲景文献数据库”、“建筑科学专题库”、“中医学专题库”、“外文数据库IEEE”、“外文数据库EI”等近40个数据库。校园网主干带宽2万兆、出口带宽9000M，覆盖全校范围，率先在全省实现大二层扁平化网络架构，有线、无线、IPV4、IPV6统一身份认证，终端计算机数量超过21000台。
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